La musique joue un rôle spécial dans toutes les religions. Une partie des cérémonies védiques était composée de chants tirés du Sâma-Véda. Les psaumes de David chantaient la louange du Seigneur et les signes de cantilation présents dans les textes hébreux guidaient la manière dont il fallait les chanter pendant la prière. La musique volontairement dissonante de flûtes et de tambourins accompagnait les thiases dionysiaques. Platon a présenté une théorie de la musique dans ses rapports avec la philosophie et la religion, à partir des idées égyptiennes, introduites en Grèce par Orphée et développées par Pythagore.

Cette science musicale était soumise au secret. Pythagore explique ouvertement la partie théorique du système à utiliser mais il reste silencieux quant à la signification fondamentale de la musique sacrée, en réservant la connaissance aux initiés.

Les initiés n'avaient accès à ces mystères qu'après de douloureuses épreuves, et après avoir juré le silence à leurs propos. Le poète Eschyle avait été soupçonné d'avoir dévoilé publiquement un sujet censé être couvert par les Mystères dans une de ses pièces mise en scène au théâtre. Il n'échappa que de peu à la fureur du peuple qui voulait sa mort pour avoir commis ce blasphème. Antoine Fabre d'Olivet écrit que selon Aristote, Eschyle ne put être absous de ce crime qu'en prouvant qu'il n'avait pas été initiéi. Il se défendit d'avoir dévoilé les Mystères en disant ignorer que ces choses ne devaient pas être dites.

Selon Clément d'Alexandrie, il admit avoir été initié, ce qui lui donnait, à la différence de ses accusateurs, la capacité de démêler ce qui pouvait être dit à propos des Mystères et ce qui devait être tu.

Fabre d'Olivet rapporte que la tête de Diagoras fut mise à prix pour la même raison ainsi que celles d'Andocidès et d'Alcibiade. Diagoras de Melos, surnommé « l'athée » discréditait les Mystères en les divulguant, les expliquant, et allait jusqu'à les singer pour s'en moquer. Il récitait en public le Logos orphique, et racontait les Mystères d’Éleusis et des Cabires.

Les temps n'étaient pas propices à la liberté de critique et d'analyse de la religion. Aristote n'échappa qu'avec grande peine aux poursuites de l'hiérophante Eurymédon. Bien avant Galilée, Philolaos de Crotone et Aristarque de Samos furent accusés publiquement et traînés devant le tribunal, l'un pour avoir dit et l'autre pour avoir écrit que la Terre n'était pas au centre de l'univers.

Philolaos était lui-même un initié.

C'est par son entremise que Platon avait pu acquérir les livres de Pythagore, et acquérir les bases de sa propre initiation à « l'évangile pythagoricien ». Si cette initiation comportait des enseignements niant le géocentrisme, dès le 5ème siècle avant J.-C., on ne peut que souligner leur pertinence, d'ailleurs confirmée par le patronage d'esprits aussi éminents que Pythagore et Platon.

L'initiation était censée apporter une compréhension profonde des mécanismes régissant l'univers. La musique était l'un des éléments de cette initiation. Elle était exotérique (par sa manifestation publique) mais ésotérique (par sa véritable signification, devant rester cachée).

On trouve aujourd'hui encore des traces de ce culte du mystère, au cœur même du solfège.

Ainsi les notes (Ut, Re, Mi, Fa, Sol, La, Si) ont reçu leur nom de Guy d'Arezzo, qui utilisa pour les dénommer les premières syllabes d'un hymne sacré adressé à saint Jean :

Utqueant laxis

Resonare fibris

Mira gestorum

Famuli tuorum

Solve polluti

Labli reatum

Sancte Iohannes

Notons que le Si est formé des initiales de Sancte et de Iohannes.

Cet hymne se traduit ainsi :

« Afin que tes serviteurs

puissent chanter à gorge déployée

les actions merveilleuses,

dissous la souillure

de leurs lèvres pécheresses,

Saint Jean ! »

Qu'Ut ait été remplacé par Do ne change pas grand chose sur le fond. Do est la première syllabe de Dominus, le « Seigneur ».

iAntoine Fabre d'Olivet (1767-1825) in La musique expliquée comme science et comme art et considérée dans ses rapports analogiques avec les mystères religieux, la mythologie ancienne et l'histoire de la terre.